La EPS-S Capital Salud nació de la decisión del Distrito Capital de ofrecer a la ciudad una EPS-S del Régimen Subsidiado ante la realidad que se presentó de baja de oferta y retiro de algunas EPS-S públicas de Bogotá en la década iniciada en el año 2000.

La Administración Distrital tomó esta decisión estratégica en el año 2008 y contrató a la Universidad de La Sabana y a Universidad del Bosque para que le recomendara el tipo de empresa a crear y para que seleccionara un eventual socio. El estudio de la Universidad concluyó que la mejor alternativa era crear una empresa mixta con capital privado y público y tras estudiar las EPS-S que, en ese momento, prestaban servicios en el sistema subsidiado, así como la valoración de su esquema administrativo, financiero, de servicio y de infraestructura, entre otros, concluyeron que la mejor opción era Salud Total EPS.

Sobre la base de esa recomendación se creó CAPITAL SALUD EPS-S como una empresa mixta de la que son socios el Distrito con un 99.03 por ciento y SALUD TOTAL EPS con un 0.97 por ciento. Los dos socios aportaron capital para la creación de esta EPS e hicieron un acuerdo marco, en cumplimiento del acuerdo del Concejo 357 de 2009 y del Decreto Distrital 46 de 2009.